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Die Bohrungen des ELSA Projektes werden mit vier verschiedenen Verfahren durchgeführt. Von der Plattform auf dem See kommt ein Gefrierverfahren (Freeze Kern) und ein gerammtes Kolbenlot (Livingston Piston corer) zum Einsatz. Beide Geräte sind von der Firma UWITEC gebaut.
Für einen Freeze Kern wird flüssiger Stickstoff durch ein Schwert gepumpt, welches mittels eines Gestänges in das Sediment gestochen wurde. Das Sediment wird von außen an das Schwert angefroren und erlaubt so eine völlig ungestörte Beprobung auch der obersten wassergesättigten Schichten. Die Kerne sind maximal 2 m lang und erreichten im Holzmaar, Schalkenmehrener Maar und Ulmener Maar bis in die Ablagerungen des Mittelalters. Kerne von bis zu 12 m Länge, die das gesamte Holozän durchteufen und bis in das Spätglazial reichen, werden mit einem gerammten Kolbenlot genommen. 
Die Kernoberflächen sind durch den Rammvorgang gestört und nicht immer sind die Kernmeter vollständig mit Sediment gefüllt. Daher werden mehrere überlappende Kerne gebohrt, um eine vollständige Abdeckung des Sedimentprofils zu erhalten. Diese Bohrungen werden von den technischen Mitarbeitern der Uni Mainz durchgeführt.
In den Trockenmaaren werden lange Kern bis 150 m mit einem Seilkernverfahren erbohrt. Bei diesem Verfahren wird mit der äußeren Verrohrung drehend gebohrt; in den untersten Meter der Verrohrung ist ein 1 m langes Kernrohr eingeklingt in welches der Bohrkern hineingleitet. Nach jedem Meter Bohrfortgang wird das 1 m lange Kernstück am Seil an die Oberfläche geholt. Die Bohrungen werden in Auftrag gegeben und von der Firma StölbenBohr (Cochem/Zell) durchgeführt. In einem zweiten Bohrverfahren, welches wir in den kleinen Trockenmaaren einsetzen, werden 20 m lange Rammkerne geholt. Bei diesem Verfahren wird von einer Fahrlafette eine Rammsonde über ein Gestänge in den Boden geschlagen und in 1 m Kernlinern beprobt. Diese Bohrungen erfolgen in Kooperation mit der Geographie Mainz.
Insgesamt sind in dem Kernlager des ELSA-Projektes 2240 m Maarsedimente dauerhaft archiviert.
